Впервые церковь Иоакима и Анны упоминается в летописях от 1544 года. Это была монастырская церковь Якиманского монастыря, древней обители, известной еще с 14 века. После упразднения монастыря в 18 веке церковь стала приходской. Как и многие культовые объекты, после революции храм был закрыт и к церковной жизни вернулся уже только после перестройки.

Храм можно считать совершенно классическим образцом традиций псковского зодчества. Он построен из традиционного материала — известняковой плиты, у него одна глава, трехапсидный четверик с восьмискатной крышей и двухпролетной звонницей. В соответствии с архитектурными псковскими традициями его внешний облик отличает простота, скромность и даже строгость, в которым вместе с тем явственно ощущается редкая гармония и изящество. Особенной ноткой в декоре является оригинальный геометрический узор на апсидах.

При этом древний облик церкви довольно серьезно изменен разновременными переделками. Так, придел был пристроен в 17 веке, были заложены боковые стены крыльца и положена четырехскатная крыша. Только в 1947-1951 годах, при реставрационных работах под руководством Ю.П. Спегальского храму вернули древний барабан и восьмискатную крышу, а также расчистили крыльцо.